理事会由会员代表大会选举产生，是会员代表大会闭会期间的执行机构，对会员代表大会负责。
2004年8月26日由第二次会员代表大会选举产生了协会的第二届会长、副会长，并采取无记名投票方式、理事（常务理事）实行等额选举产生了37名理事，15名常务理事。
协会会长、副会长、理事、常务理事名单如下：
常务理事（15名，按姓氏笔划排名）
马 兵 |
王 橙 |
卢若鹰 |
左 彬 |
冉景学 |
刘 乙 |
刘旭东 |
许科竞 |
吴钰鸿 |
陈德田 |
范云春 |
居 里 |
周群英 |
黄悦善 |
蒋 丹 |
理事（37名，按姓氏笔划排序）：
马 兵 |
马 林 |
王 帅 |
王安芬（女） |
王 橙 |
申 迅 |
卢若鹰 |
卢桂华 |
左 彬（女） |
冉景学 |
刘 乙 |
刘旭东 |
刘扬超 |
刘 鹃（女） |
刘雅利（女） |
许科竞 |
李晓莉（女） |
李 港 |
吴钰鸿 |
肖 利（女） |
陈 泽 |
陈德田 |
范云春 |
居 里（女） |
庞 莉（女） |
周群英（女） |
柳景学 |
姜 军 |
钟康毅 |
唐臣碧（女） |
崔林成 |
黄悦善 |
蒋 丹（女） |
蒋莉娅（女） |
谢玉凤（女） |
谭亚莉（女） |
魏德强 |
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重庆市公证协会共设有五个专门（专业）委员会。是在常务理事会的领导下负责研究、拟定行业发展规划，规范执业行为，指导全市公证人员业务，提高公证人员业务素质，促进公证工作的发展。
专门（专业）委员会组成人员名单
1) 维权与惩戒专门委员会
主 任：吴钰鸿
副主任：居里（女） 陈德田
委 员：黄悦善 刘 乙 卢若鹰 王 橙 周群英（女） 申 迅 冉景学 左 彬（女）
蒋 丹（女） 马 兵
2) 拓展与规范专门委员会
主 任：王 扶
副主任：左 彬（女） 刘旭东
委 员：唐元春 肖 利（女） 魏德强 卢桂华 刘扬超 庞 莉（女）
3) 民事、经济公证专业委员会
主 任：刘乾纪
副主任：马 兵 陈 瑞
委 员：陈 春 陈 泽 刘 鹃（女） 王安芬（女） 李益见 许少成 雷 鸣
施春华（女） 董泽荣 谭娅莉（女） 唐臣碧（女）
4) 涉外（台港澳）公证专业委员会
主 任：何 伟
副主任：蒋 丹（女） 袁 野
委 员：陈燕莉（女） 谢昌林 马 林 许科竞 虞 涛（女） 罗雪梅（女）
5)三峡移民公证专业委员会
主 任：范云春
副主任：崔林成 姜 军
委 员：冯晋锋 柳景学 廖德昌 钟康毅 王 帅